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El Centro de Geociencias está organizado en tres áreas de conocimiento que permiten tener una estructura flexible y abierta a las colaboraciones interdisciplinarias:

Geofísica 

Geología 

Geoquímica 

La gran mayoría de la población e infraestructura productiva en México se ubica en zonas con riesgo volcánico, sísmico o de desastres naturales potenciales. En este sentido, el conocimiento detallado de la historia eruptiva de las decenas de volcanes activos y la caracterización de las fallas sismogénicas del país son todavía incompletos.

Los riesgos de inundación y deslizamientos, la escasez de agua y la paulatina degradación de su calidad son problemas que cada vez se tornan más urgentes, y que requieren de un conocimiento detallado de las características geológicas básicas del país.

En el Centro de Geociencias se desarrollan proyectos de investigación básica en 19 estados de la República. También se realizan proyectos aplicados para la solución de problemas que afectan a las entidades del centro del país como son: estudios de suelos, riesgos geológicos, estudios de agua subterránea, contaminación de acuíferos y de suelos, prospección (para rellenos sanitarios, vías públicas, infraestructura urbana, carreteras, etc.).

Entre otros proyectos, el Centro de Geociencias tiene convenios de colaboración en investigación aplicada para beneficio del país con PEMEX-PEP, REPSOL, CFE (Geotermia), Servicio Geológico Mexicano, Agencia Internacional de Energía Atómica, así como con las Delegaciones Gustavo A. Madero e Iztapalapa, GDF, y con los municipios de San Luis Potosí y San Miguel de Allende.