El Laboratorio de Paleontología del Centro de Geociencias realiza proyectos de investigación que tienen como objetivo estudiar la Bioestratigrafía del Terciario tardío - Mioceno tardío - Plioceno (Henfiliano-Blancano) de las cuencas sedimentarias de México y la descripción de mamíferos fósiles de las edades mencionadas.
El inicio de esta línea de investigación fue en la cuenca de San Miguel de Allende por la abundancia y diversidad de fósiles recolectados, así como por el impacto de los resultados para conocimiento de importantes problemas científicos de interés regional. Por ejemplo, el reconocimiento de asociaciones faunísticas que representan dos edades de mamíferos sobrepuestas: Henfiliano-Blancano.

La descripción de este material ha contribuido al conocimiento de  los límites de estas edades de mamíferos, y ha modificado el modelo para explicar el  Intercambio Biótico entre las Américas. Además, ha sido referencia para iniciar la investigación acerca de las rutas de migración de mamíferos de la región Holartica y Neotropical, así como su integración en el centro de México.

La investigación se ha extendido comprendiendo ahora la cuenca de Tecolotlán, Jalisco, la cuenca de Tepeji del Río-Tula--Actopan-Ixmiquilpan, Hidalgo. La cuenca de Juchipila, Zacatecas; la cuenca de Colotlán-Tlatenango en los estados de Jalico-Zacatecas. En el estado de Nayarit, la cuenca de El Gigante y la cuenca de Huajimic. Además, se continuarán los trabajos de la cuenca de Miraflores en el estado de Baja California Sur.